Trate de exportar los datos desde su programa contable o de gestión en un formato compatible con los editores de hojas de cálculo; generalmente en formato excel y csv. Esto facilitará su importación y formateado.
Remítase a la documentación de su programa para realizar dicha exportación. Si no fuese posible siempre puede tratar de procesar archivos txt.
Incluso podemos estudiar la posibilidad de realizar conectores personalizados entre nuestro programa y los suyos para obtener de forma automática y directa la información.
Como editor de hojas de cálculo no tiene que limitarse a Microsoft Excel, puede utilizar cualquier otro como: OpenOffice/LibreOffice/StarOffice Calc, Gnumeric, Koffice KSpread, ...
Una vez tenga la información en la hoja de cálculo seguramente tendrá que realizar algún ajuste en los datos debido a algún error o a datos incompletos. Puede que incluso le interese realizar el proceso de verificación con sus clientes y proveedores directamente sobre dicha hoja de cálculo.